Do trudności jakie stwarza samokontrola glikemii należą koszty badania, konieczność przeszkolenia, brak umiejętności interpretacji wyników, ból występujący przy nakłuciu skóry, potrzeba przeznaczenia na badanie czasu i wysiłku, błędy techniczne zwiększane niekiedy przez niedostateczną sprawność chorego, zaniedbania w kalibracji aparatów.

Pacjent musi też wiedzieć, czy bada zmiany glikemii w pełnej krwi czy też w surowicy, ponieważ stężenie glukozy w surowicy jest o 10-15% wyższe niż w krwi pełnej.

Błędy w samokontroli glikemii mogą mieć trzy źródła:

- złe paski testowe

- błąd w technice wykonywania reakcji i pomiaru

- niska sprawność glukometru

Najczęstszą przyczyną powstawania nieprawidłowych odczytów jest nieprawidłowe przechowywanie pasków oraz używanie ich po przekroczeniu daty ważności. Duże znaczenie ma dokładne pokrycie pola testowego odpowiednio dużą kroplą krwi. Sprawia to większą trudność, jeśli powierzchnia tego pola jest duża. Problem ten nie istnieje w glukometrach, które same zasysają odpowiednią, zwykle bardzo małą, ilość krwi.